澎湖由於在地形上和氣候上有著特殊的環境，其表土層淺薄，保水力較差，為乾旱型的生育環境，除了少雨的旱害之外，強風的風害、颱風時的鹽害等，皆使得植物順應環境而形成葉子加厚、覆厚層毛、儲水組織發達、易長不定根等特性，主要植物種類可達百餘種。
最常見的大樹是榕樹，通樑古榕即是一例，其甚為壯觀，因此榕樹也就成為澎湖的縣樹；而遍佈全縣的歸化優勢植物－天人菊就成了縣花。除此之外，由於島嶼常有特殊的生態環境，因此有一些在澎湖的原生植物，如澎湖決明、澎湖大豆、澎湖爵床及澎湖金午時花等，這些以澎湖命名的植物在他處是十分罕見的，可以算是澎湖的代表植物；亦有一些台灣較稀有的植物而在澎湖仍可發現者，如白花馬鞍藤、苦檻藍、姬草海桐等，而風茹草在澎湖製成風茹草茶，生津解渴，是一特產。
本地作物生產早期均以咾咕石可砌成防風牆，蜂巢田式經營，形成本地村落產業之特色，牆內種植蔬菜、瓜果，一般耕地則以種植高粱、花生、甘藷等什糧為主，各重要經濟作物香味獨具，諸如稜角絲瓜、嘉寶瓜、蕃茄、紅菱瓜、哈密瓜與香瓜梨等，尤其是蘆薈、仙人掌、香茹草、花生，均已聞名遐邇。
政府為防風、綠美化，木麻黃、南洋杉、刺桐、檉柳成為主要的造林樹種，合適的防風樹種或造林技術的不斷精進，為澎湖的綠化尋出契機。另外澎湖有紅樹林，是以海茄冬為主，為澎湖的海岸增添了生氣。

澎湖的海藻資源相當豐富，是全台之冠，就藍綠藻、綠藻、褐藻、紅藻四大類中，澎湖海域所產的約計有40餘種，其中具有經濟價值的主要有紫菜、海菜、石花菜、頭髮菜等，生產季節為冬季12～3月。目前有天然產及養殖生產兩種，天然生產主要分佈在姑婆嶼、白沙嶼等北海各離島的北側潮間帶迎風面；養殖生產則主要分佈在講美、青螺、下社、北寮等處海域。

以生物地理的觀點來看，澎湖群島四周海域的珊瑚礁生態系統，屬於印度－太平洋系統。以澎湖而言，黑潮支流進入台灣海峽，對具有浮游幼蟲時期的珊瑚來說，顯然為影響珊瑚在澎湖海域分佈最主要的原因之一。澎湖海域的珊瑚類，包括石珊瑚、軟珊瑚、角珊瑚（柳珊瑚）和水螅珊瑚等。石珊瑚所形成的珊瑚礁多見於沿岸潮間帶前端附近，有些地方自海岸向外延伸至十餘公里外，尚仍為珊瑚礁，龍門港外海可以見到帶狀分佈，其餘在員貝嶼東方、鳥嶼南方海域及七美附近海底等皆可發現。軟珊瑚乃是一般不會分泌石灰質骨骼的珊瑚，由於其多分佈在海深較深、海流強勁且水質清澈的地區，因此澎湖軟珊瑚分佈不如石珊瑚分佈來得廣。而值得一提的是，在山水附近海域有一處海扇軟角珊瑚及海雞頭軟珊瑚所組成的珊瑚林，是一極特殊的海底生態群聚。

本地區海域內的魚種，據調查估算至少有145科700種之多，在這些魚類裡，硬骨魚類中的鱸形目佔了大多數，而這些也正是生活在礁岩海域中常見的魚種。澎湖漁業資源中，除了擁有豐富且多樣性的成魚外，稚魚資源的蘊藏，更是此海域漁業能夠生生不息的原因之一，一般稚魚種類，以加臘魚、龍占、日本金梭魚以及臭都魚等為數較多，每到5、6月間常可見成群大批的稚魚在水中呼嘯而過，蔚為奇觀。在沿海底棲魚類方面，以石斑魚等最常見，主要棲息在淺海的礁岩區，其他如俗稱「老鼠斑」的敏魚或是俗稱「紅條」的豹鱠等，都是此海域內的生存魚種。在沿岸礁岩海域內有許多體型較小但是顏色鮮麗的魚 類，屬於隆頭魚科、蝶魚科以及雀鯛科的魚種是其中最主要的組成份子。其他的漁業資源如貝類、甲殼類、棘皮動物等，皆有可觀的蘊藏量。

近年來備受重視的綠蠵龜，因其數量大量減少，而澎湖是台灣地區中其較固定會上岸 產卵的地區，因此綠蠵龜就成了澎湖的代名詞之一。另外，澎湖的海豚因其稀有珍貴亦成為澎湖的另一代名詞，海豚是屬於小型齒鯨類，有高達兩六十顆的齒，澎湖人俗稱海豬、海鼠或黑俄，其智商可與靈長類相比，海豚是以聲音來彼此交換訊息及從事聯絡。每年冬末春節至三月底這一期間，海豚會成群迴游澎湖外海，主要的種類包括長吻海豚、吉氏海豚及南方海豚等，偶而也出現體型較小的偽虎鯨等。

澎湖鳥類資源之豐富，有人稱澎湖群島為鳥類的天堂。由於澎湖地處東亞候鳥遷移路 線的中繼站，因此擁有形形色色的鳥類。根據到民國79年的調查，澎湖鳥種可達14目40科157種之多，其中難得的是歷年被發現列入記錄的鳥類，佔台灣本島約410種的半數左 右，又此些澎湖的鳥類記錄，若以遷留澎湖群島的情形加以區分，又可歸納出留鳥約占五分之一，由此可見其鳥類的組成中，遷移性的候鳥為主要種類。澎湖鳥類的移棲活動，以每年一至四月最具頻繁，至五月份後，則漸次減少，至六、七月間是鳥類最少的季節，然此時卻是大小貓嶼、雞善嶼及錠鉤嶼等無人島上繁殖的燕鷗科鳥類最具特色的時候，而秋 季的九月至十二月間，則為鳥類活動次佳的季節，此時恰是候鳥向南遷徙準備度冬的時候。 一般來說，澎湖不同科別的鳥類，常會有不同的棲息地點，如各島岸邊的潮間帶（鷸科等）、 水庫地區（鷺鷥、水鴨等）、防風林、農墾地（鶇科、雀科、鶯科等）、南海無人島鷗科等）。

澎湖本島東北方的錠鉤嶼、雞善嶼、小白沙嶼三島嶼玄武岩景觀無論規模或景觀均達 世界級水準，且又有各種保育鳥種在此繁殖，十分珍貴，依文化資產保存法第五十二、五十三條規定執行保護。行政院農業委員會於1992年3月12日公告，為玄武岩自然保留區。 實施各項保留區之保育措施。保留區內主要保護及保育的為區內具代表性生態體系，或具 獨特地形、地質意義，或具有基因保存永久觀察、教育研究價值區域，如玄武岩、鳥類、植物。禁止改變或破壞其原有自然狀態，及獵捕、網釣、採摘。

澎湖群島西南方的大小貓嶼全島面積約10.02公頃。附近海域漁業資源豐富，為東亞 候鳥遷移的中繼站，每到候鳥移棲的季節，島上便聚集成千上萬，以玄燕鷗及白眉燕鷗為主的海鳥生殖族群，為台灣難得之珍稀自然資源。澎湖縣政府於1997年4月23日公告設立貓嶼海鳥保護區，禁止各項違反保護區之事項。如上岸撿拾鳥蛋、騷擾海鳥、破壞生態環境之行為。

在澎湖群島出現的海龜有綠蠵龜、赤蠵龜、欖蠵龜、玳瑁，海龜是瀕臨絕種的保育類野生動物，應遵守野生動物保育法規定不得捕捉及販賣，也不可騷擾上岸產卵的海龜。
澎湖縣政府於1995年1月17日公告畫定望安綠蠵龜產卵棲地保護區範圍，實施各項 保護區之保育計劃。規定每年5月1日至同年10月31日於母龜上岸產卵期間實施夜間管 制。澎湖國家風景特定區管理處並將於潭門港附近建造綠蠵龜觀光保育中心，加強解說教 育及保育功能。
望安島綠蠵龜產卵棲地保護區為天台山南岸沙灘、西安水庫以西沙灘經土地公港大瀨 仔、水雷港、網垵口、戶頭角至萬善宮附近的沙灘面積約23.33公頃。按海洋大學程一駿、 陳添喜研究報告指出：望安沙灘是目前台灣僅存最穩定的綠蠵龜產卵地，按調查指出1992年夏有8隻母龜上岸產卵，1993年有12隻，1994年據陳添喜先生調查約有20隻。

澎湖群島受黑潮支流及大陸沿岸的影響，海豚常在夏季塭魚期及冬季鰆魚盛漁期，洄 游於澎湖海域附近，使海豚成為本縣知名的保育類野生動物。本縣常見的有兩種，一為偽虎鯨，一為瓶鼻海豚。依據台灣大學動物系周蓮香教授的研究指出，鯨豚類在澎湖擱淺的頻率位居台灣地區首位。誤觸漁網的數量也最多。