澎湖位於亞洲中國大陸與台灣之間的台灣海峽上，是臺灣唯一的島縣。在低潮位時，可出現上百個島嶼，因此島嶼數目說法各異，以漲潮時亦不淹沒的情況而言，大小島嶼數目為64個，故一般說法稱64個島嶼。其分佈位於北緯23°47'至23°9'，東經119°18'至119°42'之間。極東是查某嶼；極西是花嶼；極南是七美島；極北是目斗嶼；極西的花嶼亦是臺灣版圖極西的島嶼。在經緯度上澎湖群島尚有一個特點，就是北回歸線23°27'穿過群島之中的虎井嶼之南。
澎湖群島散佈海上，南北長約六十餘公里，東西寬約四十餘公里，6 4個島嶼陸地總面積 126.8642平方公里，唯退潮時總面積可達164.1165平方公里。群島有人居住的島嶼有二十個，合計面積124.5599平方公里，無人居住的島嶼有四十四個，合計面積2.7789平方公里。島嶼面積以馬公本島最大，其次依序為西嶼、白沙、望安以及七美。
澎湖群島的海岸線曲折，海岸線總長度達320公里，海岸地帶常見的除了岬灣之外，還有海蝕平臺、海蝕崖、海蝕洞以及沙、岩岸地形，相當複雜。群島地勢平緩，幾乎每個島四周是崖壁，頂部一片平坦，感覺不到明顯的高山起伏，是典型的方山地形，主要原因是海底火山噴發出玄武岩流，挾有數層海相化石之水成岩層，在海底經過多次緩慢活動後，形成較為平坦的海底地形，再經過多次海水面升降變化，露出海水面，加上侵蝕作用的結果，形成今天的陸地地形，為澎湖最明顯的特徵。
群島的地勢是由南向北傾降，最高點為大貓嶼的79公尺，往北為七美嶼66公尺、望安島53公尺、馬公島52公尺、白沙嶼38公尺、吉貝嶼19公尺，至目斗嶼降為14公尺，到最北面大嶢礁、二嶢礁漸次潛伏水中。

澎湖位於亞洲大陸邊緣，氣候深受大區域的氣候所影響。澎湖大致位於北回歸線上，全年的平均溫度為23°C，以2月均溫16.2°C最低，7月均溫28.3°C最高。澎湖雖四周環海，氣溫理應較為溫和，但地表缺乏良好的植被，在夏季，陸地容易因日照而加溫，雖然有南風吹拂，但仍讓人感覺燥熱。冬天在強大的東北季風吹拂下，使人體的感覺溫度約低於實際溫度7°C。
雨量
澎湖因地勢平坦，缺乏高山，不能產生地形雨。平均年降雨量僅約1000mm。又由於風速、日照等氣候因子的影響，年蒸發量可高達1600多公厘。
雨量在季節的分佈上，乾季與雨季的分別也相當明顯。每年的10月到翌年的3月屬於乾季，降雨量約200mm；每年的4月至9月是雨季，降雨量約800mm左右。全年的降雨日約95天 。
澎湖地區雨水的酸鹼度為中性（澎管處空氣品質警察電訊所測站，86.6.1，PH 7.69），此乃因澎湖地區空氣污染小，二氧化碳、氮氧化物、硫氧化物等造成酸雨的化合物濃度不大；而由海水蒸發懸浮在空氣中的鹽類被雨水吸收，甚至使得雨水略呈鹼性。
季風
強勁的季風是澎湖特殊的自然現象，澎湖位於季風標準區域內，當秋末初冬的東北季風通過管狀的臺灣海峽時，風力加速，使得澎湖冬季經常籠罩在凜冽的季風之下。在季風的系統下，澎湖地區冬天吹拂著來自高緯度地區的風，風向多為北北東；因為缺乏地形的屏蔽，使得澎湖冬天的風速相當大，自10月後自翌年1月風速都維持在6m/sec以上，相當於4級風，然後風速慢慢趨緩。雖然平均風速僅為4級風，但當有結構完整的大陸冷氣團南下時，風速常常會達到8級以上，陣風亦會達到12級以上。在海面上，風速也比陸地上更為強勁。夏天時，亞洲的季風改由太平洋吹向亞洲大陸，澎湖的風向也因而改變轉為南風，風速較為和緩，平均風速在3.5m/sec左右，相當於3級風。自8月底，風向再度轉為北北東，風速也逐漸加大。
澎湖海風風速季節變化大，冬季10月至翌年3月風速超過10m/s的出現率為56﹪，夏季4至9月僅7.5﹪；風速低於 5m/s的出現率冬季僅佔15﹪，夏季則約為54﹪，因此使得澎湖冬季的活動明顯減少，而觀光旅次也明顯下降，也就是所謂的澎湖旅遊淡季。
在每日風向風速的變化並不顯著。在台灣以及其他鄰近海洋及巨大水體的地區，會有陸風、海風的循環，在夏季的白天時，風由海洋吹向陸地，到了晚上，則由陸地吹向海洋。由於澎湖四面環海，陸地的幅員又狹小，不足以產生陸、海風的循環，因此，不但在冬季都持續著吹東北風，在夏天，也持續著吹著西南風，並沒有明顯的以日為週期的風向改變。
海流
澎湖四面環海、水質清澈，北臨北淺漁場，南靠台灣堆（南淺）漁場，又有黑潮支流經過，自古即是絕佳的天然漁場。
潮汐
澎湖地區為半日潮，每日高低潮各兩次，一般而言，澎湖水道兩側沿岸處，漲潮時潮流向北流，退潮時流向南。而潮汐對於澎湖的影響頗大，諸如漲退潮的島嶼數就有不同、退潮的潮間帶活動更是澎湖居民賴以為生的工作場所、潮間帶也是觀光客最常選擇的遊憩場所。