台北松山機場：目前有華信、立榮、遠東等三家航空公司在經營台北松山機場至澎湖機場之載客營運，飛行時間約45-55分鐘；
台中清泉崗機場：目前則有華信、立榮及遠東三家航空公司飛往澎湖，約30-35分鐘可抵達；
嘉義水上機場及台南機場：目前僅有立榮航空一家獨攬馬公航線，飛行時間約半小時；
至於高雄小港機場：目前則有華信、立榮及遠東三家航空飛往澎湖，飛行時間約35-40分鐘。