元世祖至元18年（西元1281年）11月澎湖正式設巡檢司，隸屬福建同安，使澎湖收入中國版圖早於台灣403年。至明太祖洪武21年（西元1388年），因東南沿海長年海盜倭寇為患，朝廷追勦無功，澎湖反成盜寇巢穴，遂依部將湯和所請，行徙民墟地政策，廢巡檢司，將原有居民遷至泉、漳二州安置。
盜寇據亂時期
明朝廢巡檢司後，澎湖更淪為海盜、倭寇剽掠沿海的根據地，造成無窮的後患。嘉靖末葉之後巨盜林道乾、林鳳、曾一本等都曾利用澎湖為基地以竄擾沿海，天啟六年至永曆12年（西元1626－1658年）鄭芝龍亦占據統制澎湖。明朝廷為追勦盜寇數度追擊至澎湖，嘉靖42年（西元1563年）俞大猷痛擊佔澎海賊與倭寇，駐偏師於澎湖，朝廷依其所奏復設澎湖巡檢司，唯俞大猷去職後巡檢司也被廢止。明自洪武21年廢巡檢司至永曆15年鄭成功收澎湖（西元1388－ 1661年），經251年近三世紀之盜寇據亂，使澎湖回溯荒蕪。

明朝廢巡檢司後近三世紀之盜寇據亂時期，亦予荷蘭人有機可趁。明萬曆32年（西元1604年）7月12日荷蘭人韋麻郎率大船三艘開入澎湖，是時澎湖無兵駐守，即登陸，半商半軍，在娘媽宮（現今馬公）開洋貨攤，萬曆32年（西元1604年）10月25日明廷派浯嶼都司沈有容諭退韋麻郎，有石碑記錄之，現存於天后宮內。萬曆37年（西元1609年）荷蘭商船至澎湖，適逢澎湖汛兵戍守期，無法登陸而離去。明熹宗天啟2年（西元1622年）7月1日晨荷將雷爾生率艦12艘、兵1024人侵入媽宮港，當時澎湖汛兵已撤離，即在風櫃尾登陸，居民數千人抵抗，被殺30餘人，荷軍佔據澎湖後為長期防備，役民搬石築城，除建造紅毛城，並在風櫃尾、金龜頭、蒔裡、四角嶼、漁翁島建築炮臺以守海道，其後荷艦出入海洋，對南北海運商旅影響至鉅。天啟4年（西元1624年）福建巡撫南居易奏准攻澎湖荷蘭人，擒高文律12人，驅荷大勝後南居易於暗澳（今文澳）築天啟城，設游擊一，把總二，統兵三千，建炮臺以守。

明崇禎17年（西元1644年）吳三桂引清兵入關，明淪於滿清，鄭成功在東南沿海與清兵周旋，努力抗清復國。永曆8年（西元 1654年）鄭成功在金門勢力鞏固，奉宗室於金門。永曆15年（西元1661年）決東征台灣，2月初三率艦數百艘、兵二萬五千人從金門料羅灣出發，初四早晨望見澎湖八罩島，黃昏抵達媽宮駐紮，初六鄭成功祭禱海岳，巡視附近諸島，初八早晨由澎湖出發征鹿耳門，至12月初三戰勝荷蘭人，設承天府一府及天興、萬年二縣，在澎湖設安撫司，屯戍重兵，以為臺灣門戶。永曆16年（西元1662年）5月初八鄭成功病逝，鄭經嗣位，改東都為東寧。永曆18年（西元1664年）3月初七鄭經自銅山退守東寧而至澎湖。永曆19年（西元1665年）2月鄭經聞報施琅要攻澎湖，與部將會商對策部署防禦，唯施琅攻澎因遇風失敗而還，北調內大臣，裁福建水師提督。永曆35年（西元1681年）鄭經逝去，鄭克塽繼位，施琅得再治兵廈門領水師提督征臺灣，5月施琅謀伐台灣，10月鄭克塽派劉國軒率二萬餘人、戰船百餘艘守澎湖，永曆37年（西元1683年）6月14日施琅率師由銅山出發，15日到花嶼攻澎湖，22日劉國軒戰敗逃回台灣，7月16日鄭克塽正式投降，8月13日施琅入台，澎湖一戰失利，明代終告覆亡。鄭氏守備澎湖自永曆15年至永曆37年（西元1661－1683年）計23年。

康熙23年（西元1684年）清正式將台澎納入版圖，置戍兵守台澎，澎湖仿元代設巡檢 司，附屬台灣縣，分兵駐守澎湖，設水師副將一員，兵二千，下設游擊、都司、守備千把總 等，武備衙門林立。雍正元年（西元1723年）復議澎湖巡檢不足治澎，擬升為廳，殆至雍正5年（西元1727年）升澎湖巡檢為海防同知，添置防兵。雍正6年（西元1728年）改臺 廈兵備道為臺灣道，設澎湖海防糧捕廳，置通判。澎湖早於台灣403年即自元代入版圖起算 至清正式將台灣納入版圖。清治澎湖 212年，僅有賑恤、文事與造城築砲臺，並無其他重大 民生發展建設，較重要史實事件有：乾隆31年（西元1766年）通判胡建偉呈請創建文石書 院，次年夏文石書院落成；乾隆32年（西元1767年）胡建偉編成「澎湖紀略」為澎湖首創 完整志書；乾隆43年（西元1778年）建西嶼外垵燈塔，次年完成，為臺灣燈塔之濫觴，廈 門航行臺灣船隻以此為標識；道光9 判蔣鏞完成「澎湖紀略續編」；光緒9年（西元1883年）通判李嘉棠奉令築砲臺於西嶼內外塹；光緒11年（西元1885年）2月13日法將孤拔率 艦攻澎，我方失利，孤拔入澎，時疫大流行，孤拔病死，葬於媽宮城，3月中法議和，6月24日法軍撤退；光緒13年（西元1887年）海壇鎮總兵吳宏洛任澎湖水師總兵接管澎湖，督 造澎湖城（媽宮城）；光緒20年（西元1894年）中日戰爭開始，21年（西元1895年）3月20日本伊東中將率聯合艦隊到達澎湖將軍澳，23日由良文港（龍門）裡正角登陸，24日 攻陷拱北砲台，再進逼媽宮城，25日佔領全澎湖。

光緒21年（西元1895年）4月17日李鴻章與伊藤博文簽訂馬關條約，正式割讓臺灣澎 湖與日本，臺澎自此被日本占據 51年。光緒21年（西元1895年）3月25日日本佔領澎湖 後，任命海軍少將田中綱常為「澎湖列島行政廳長官」施行軍政，6月28日全台置三縣一廳， 澎湖稱為「澎湖島廳」。光緒22年（西元1896年）5月廢止軍政。光緒24年（西元1898年）6月改稱「澎湖廳」直屬於台灣總督府。光緒 29年（西元1903年）設澎湖要塞司令部， 整理測天島海軍軍區鞏固殖民地防務。民國9年（西元1920年）「澎湖廳」改為「澎湖郡」 改隸屬高雄州；12年（西元1923年）日皇太子裕仁親王來台並專程視察澎湖；15年（西元 1926年）澎湖復改為廳，仍隸屬於台灣總督府。
日據時代日本在澎湖的主要建設為：光緒28年（西元1902年）建立北島燈塔於目斗嶼； 民國2年（西元1913年）設立電燈株式會社，首開澎湖電化先聲，民國2至9年（西元1913－1920年）建設郵電交、通鼓勵日商來澎經營各種商業；15年（西元1926年）創「澎湖水 產會」；16年（西元1927年）於馬公湖西開辦開辦公共汽車、組織地方自治、6月開建馬公自來水廠，19年（西元1930年）自來水廠竣工輸水；26年（西元1937年）完成彌榮、萬歲橋 （中正、永安橋）改建，使本島連結白沙島可通行車輛；30年（西元1941年）兒童 初等教育之公學改為國民學校；32年（西元1943年）設立馬公高等女學校等。

民國34年（西元1945年）8月15日日本宣佈無條件投降，12月25日澎湖改為「澎湖 縣」；35年（西元1946年）1月21日正式成立澎湖縣政府，首任官派縣長傅緯武。39年（西 元1950年）首屆議會（民選）成立，鄭大洽當選議長。40年（西元1951年）1月7日李玉林當選首屆民選縣長。